Trzecie mistrzostwo w 1923 roku nie zostało zdobyte w tak imponującym stylu, jak poprzednie, gdyż konieczne było rozegranie czterech meczów barażowych z klubem Huracán. Za to w 1924 roku Boca Juniors zdobył mistrzostwo Argentyny bez porażki.
Po zaskakująco słabym sezonie w 1925 roku (20. miejsce), w roku 1926 Boca Juniors z 17 meczów wygrał 15, zremisował 2 i żadnego nie przegrał, zdobywając piąty tytuł mistrza Argentyny. Był to ostatni sezon, w którym w Argentynie mistrzostwa organizowały dwie konkurujące ze sobą federacje. Mistrzostwa w następnym roku zorganizowała nowa, zjednoczona federacja – Asociación Amateurs Argentina de Football. Po połączeniu obu lig w 1927 roku Boca Juniors o jeden punkt dał się wyprzedzić klubowi San Lorenzo de Almagro i musiał zadowolić się tytułem wicemistrza kraju (pierwszym w historii klubu – dotąd było 5 tytułów mistrza, ale ani jednego wicemistrzostwa). W tym okresie kluczową rolę w drużynie zaczął odgrywać ściągnięty z paragwajskiego klubu Nacional znakomity pomocnik Manuel Fleitas Solich.