W roku 1914 klub potwierdził zarówno swoje możliwości, jak i aspiracje, zajmując w lidze wysokie 3. miejsce. Po zakończeniu podziału w futbolu argentyńskim oraz odejściu Angela Romano do Nacionalu nastały dla klubu dwa słabsze sezony w 1915 i 1916 roku (w obu przypadkach 14. miejsce), ale w 1917 roku Boca Juniors zajął ponownie wysokie, tym razem 4. miejsce. W 1918 roku zabrakło punktu do wicemistrzostwa, które zdobył przyszły odwieczny rywal – River Plate.
W 1919 roku doszło do kolejnego rozłamu w argentyńskiej piłce – 13 klubów opuściło federację Asociación Argentina de Football i założyło Asociación Amateurs de Football, który zorganizował własne mistrzostwa. Boca Juniors pozostał w dotychczasowej, uznawanej przez FIFA federacji. W okrojonej do 6 klubów lidze Boca Juniors zajął pierwsze miejsce i zdobył swoje pierwsze mistrzostwo Argentyny. W roku 1920 w powiększonej do 13 klubów lidze Boca Juniors znów zajął pierwsze miejsce zdobywając mistrzostwo kraju drugi raz z rzędu. Drugi tytuł zdobyty został w imponującym stylu – w 24 meczach jedna porażka, 52 bramki zdobyte i tylko 7 straconych oraz aż 12 punktów przewagi nad drugim w tabeli klubem Banfield. Po tak dobrym sezonie trzecie miejsce w 1921 i w 1922 roku były niespodzianką.