Kryptoanaliza Oba szyfry były często mylone i określane terminem „le chiffre indéchiffrable” (nierozszyfrowalny szyfr).
Pierwszy opis złamania szyfru Vigenère’a został opublikowany w książce pruskiego dowódcy Fryderyka Kasiskiego – Die Geheimschriften und die Dechif-frir-kunst („Szyfrogramy i sztuka deszyfracji”), opublikowanej w 1863.
Metoda złamania opierała się na obserwacji, że powtórzenia w szyfrogramie mogą odpowiadać powtórzeniom w tekście jawnym i kluczu. To z kolei ułatwiało odgadnięcie długości klucza, następnie samego klucza i odszyfrowania szyfrogramu.
Oczywiście metoda ta dotyczyła historycznej wersji szyfru Vigenère’a, która miała skończoną (i w praktyce zazwyczaj krótką) długość klucza.
Pierwsze złamanie szyfru nastąpiło jednak wcześniej – w roku 1854, przy użyciu kryptoanalizy statystycznej i zostało dokonane przez Charles’a Babbage’a. Istotą złamania szyfru było podzielenie wiadomości na części w ilości równej długości klucza.