Za kadencji Azeglio Viciniego i Arrigo Sacchiego (trenował Baresiego w A.C. Milanie) był podstawowym zawodnikiem drużyny Azzurich i uczestniczył na mistrzostwach Europy 1988 w RFN, które drużyna Azzurich zakończyła w półfinale po przegranej 22 czerwca 1988 roku na Neckarstadion w Stuttgarcie z reprezentacją ZSRR oraz na dwóch mistrzostwach świata: 1990 we Włoszech (drużyna Azzurich, której Baresi był liderem obrony, straciła tylko 2 gole i zakończyła turniej na 3. miejscu po wygranej 7 lipca 1990 roku na Stadio San Nicola w Bari w decydującym meczu 2:1 z reprezentacją Anglii) i 1994 w Stanach Zjednoczonych, gdzie w finale rozegranym 17 lipca 1994 roku na Rose Bowl w Pasadenie z reprezentacją Brazylii, w serii rzutów karnych (bezbramkowy remis po dogrywce) Baresi nie wykorzystał pierwszej próby, a seria zakończyła się wygraną Canarinhos 3:2, co Baresi bardzo mocno przeżył, a zdjęcia jego rozpaczy obiegły cały świat.