W 1959 roku Centrala Badania Zbrodni Narodowosocjalistycznych w Ludwigsburgu wszczęła śledztwo w sprawie zbrodni popełnionych w Treblince, w którym Münzberger był jednym z podejrzanych. Akt oskarżenia przeciwko niemu i trzynastu innym esesmanom został wniesiony 29 stycznia 1963 roku. W lipcu tegoż roku został tymczasowo aresztowany. Był sądzony w pierwszym procesie załogi Treblinki, który toczył się w Düsseldorfie w latach 1964–1965. Prokuratura postawiła mu zarzut morderstwa i zażądała dla niego kary dożywotniego pozbawienia wolności. On sam przyznał w czasie procesu, że asystował przy gazowaniu Żydów. Utrzymywał jednak, że nie dopuszczał się żadnych okrucieństw, a wręcz dokładał wysiłków, aby akcja eksterminacyjna przebiegała w sposób możliwie spokojny i sprawny. Twierdził również, że nie można obarczać go odpowiedzialnością za okrutne zachowanie ukraińskich wachmanów. Wyrokiem z 3 września 1965 roku został uznany winnym pomocnictwa w zbiorowym mordzie na 300 tys. osób i skazany na karę dwunastu lat więzienia.
W 1971 roku zwolniono go z więzienia za dobre sprawowanie. Po wyjściu na wolność zamieszkał wraz z żoną w domu swojego syna w bawarskim Unterammergau. W 1972 roku udzielił wywiadu Gitcie Sereny.