Zgodnie z jego późniejszymi zeznaniami był to gest humanitaryzmu i wszystkie dzieci zostały powieszone w stanie narkozy, natomiast według zeznań innych uczestników egzekucji same zastrzyki były przyczyną śmierci niektórych dzieci i powieszono tylko te, które nadal wykazywały oznaki życia.
W obliczu zbliżającej się przegranej, Heinrich Himmler zgodził się na akcję białe autobusy, polegającą na ewakuacji więźniów obozów skandynawskiego pochodzenia. Zebrano ich w Neuengamme, a Trzebinski przyjął łapówkę od koordynujących akcję Szwedów za wytypowanie do zwolnienia większej liczby więźniów. Odrzucił jednak szwedzką propozycję udzielenia powojennego azylu żonie i córce.
1 maja 1945 opuścił obóz i początkowo skierował się w kierunku Danii, a od kapitulacji Niemiec rozpoczął wraz z żoną i córką ukrywanie się, głównie w Hamburgu i okolicach. W tym czasie przejściowo pracował jako lekarz w brytyjskim obozie jeńców niemieckich w Hesedorfie koło Bremervörde, podając się za byłego wojskowego chirurga. Na krótko wrócił do Hamburga i ponownie przeniósł się do Hesedorfu, gdzie pracował jako lekarz cywilny. 2 lutego 1946 został aresztowany, trafiając do brytyjskiego obozu internowania w Verden, a niedługo potem w Westertimke.