On też wyznaczył pierwszych więźniów przeznaczonych do eksperymentów, wybierając osoby skazane na karę śmierci. Następnie prowadzono badania na kolejnych więźniach, z których przeżyło kilku. Po uznaniu, że badania na dorosłych nie prowadzą do oczekiwanych wyników, Heissmeyer dostał do dyspozycji dwadzieścioro żydowskich dzieci sprowadzonych w tym celu z innych obozów. 20 kwietnia 1945 komendant obozu, Max Pauly w ramach pozbywania się dowodów zbrodniczych eksperymentów pseudomedycznych na 20 dzieciach nakazał Trzebinskiemu ich otrucie. Trzebinski odmówił pod pretekstem braku trucizny. Zamiast tego nocą z 20 na 21 kwietnia asystował przy ich uśmierceniu przez powieszenieStanisław Sterkowicz, Zbrodnie hitlerowskiej medycyny, Warszawa 1990, s. 66.. Miało to miejsce w byłym budynku szkoły Bullenhuser Damm pełniącym funkcję podobozu Neuengamme. Powieszono wówczas tam kilkudziesięciu więźniów obozu, głównie radzieckich jeńców wojennych, a następnie miano powiesić dzieci. Przed powieszeniem Trzebinski podał im zastrzyki morfiny.