Istnieją tu trzy obszary ochrony ścisłej: Magura Wątkowska (1189 ha), Kamień (378 ha) i Zimna Woda (841 ha), jest rezerwat skalny Kornuty, i pomnik przyrody Diabli Kamień.
W parku występuje prawie 800 gatunków roślin i prawie 200 gatunków zwierząt (nie licząc bezkręgowców). Wśród roślin 59 gatunków objętych jest ochroną ścisłą, 11 częściową, a 12 wpisanych jest do Polskiej Czerwonej Księgi Roślin.
Niektóre z roślin występujących w MPN: cebulica dwulistna, berberys pospolity, modrzyk górski, języcznik zwyczajny, paprotnik Brauna, róża francuska, czosnek niedźwiedzi, kruszczyk błotny i około 20 innych gatunków z rodziny storczykowatych m.in.: gnieźnik leśny, storczyca kulista, buławnik mieczolistny, lilia złotogłów, kosaciec syberyjski, przebiśnieg, miesięcznica trwała, zimowit jesienny.
Grzyby (463 gatunki), 17 z nich podlega ochronie ścisłej m.in.: purchawica olbrzymia, szyszkowiec łuskowaty, gwiazdosz potrójny i frędzelkowany, smardz jadalny.
Ssaki (57 gatunków, w tym 10 gatunków nietoperzy) reprezentowane są w Parku m.in.