Do dziś przebieg granic Parku jest mocno skomplikowany: ze względu na układ gruntów prywatnych granica jest bardzo rozwinięta, liczne są enklawy lasów gminnych i prywatnych oraz gruntów rolnych.
Od wschodu sąsiaduje z Jaśliskim Parkiem Krajobrazowym, od południa zaś, przez granicę państwową, ze słowackim Obszarem Chronionego Krajobrazu „Karpaty Wschodnie”.
Przyroda Magurski Park Narodowy (MPN) chroni przede wszystkim unikatowy w skali Karpat obszar przejściowy między Karpatami Zachodnimi i Karpatami Wschodnimi. Ponad 90% powierzchni parku zajmują lasy. Na jego terenie wyróżnić można dwa piętra roślinne: pogórza i regla dolnego. Piętro pogórza, zajmujące około 43% powierzchni parku i sięgające 530 m n.p.m., to głównie drzewostany sztuczne z przewagą sosny. Znajdują się tu też liczne łąki i pastwiska, a także torfowiska. Piętro regla dolnego, zajmujące około 57% powierzchni parku i sięgające od 530 m n.p.m. wzwyż (najwyższy szczyt w parku to Wątkowa 846 m n.p.m.), to głównie naturalne lasy bukowe (udział lasów sztucznych jest tu zdecydowanie mniejszy) z domieszką jedlin i rzadko występujących w Karpatach jaworzyn.