W 1517 wystąpił Marcin Luter, a jego idee były szeroko dyskutowane w Norymberdze. Willibald Pirckheimer stał się jednym ze zwolenników reformatora. Kiedy list, w którym Caritas skrytykowała Lutra, został bez jej wiedzy opublikowany w 1523 jako pamflet, rodzeństwo popadło w czasowy konflikt.
W 1524 rada miejska Norymbergi podjęła działania przeciwko dwóm żeńskim klasztorom w mieście. Willibald nie poparł działań reformatorów i bronił siostry. W 1525 rada miejska, której członkowie przeszli na protestantyzm, wydała decyzję o zamknięciu klasztoru klarysek oraz połączonych z nim szkół klasztornych dla dziewcząt. Rodzicom nakazano zabrać córki ze szkół. Zakonnice pod przewodnictwem Caritas sprzeciwiły się władzom. Sprawa zyskała rozgłos dzięki sławie Caritas jako humanistki. Otrzymała wsparcie m.in. Filipa Melanchtona i brata, dzięki czemu rada miejska nie zamknęła klasztoru. Rajcy jednak zakazali dziewczętom wstępować do klarysek, co miało doprowadzić do samoistnego zamknięcia placówki. W 1591 kościół klasztorny został przekształcony w protestancki zbór, a pomieszczenia klasztorne oddano pod zastaw miasta. W 1596 zmarła ostatnia przeorysza klarysek w Norymberdze i zagromadzenie przestało istnieć.