30 stycznia 1942 roku „Goffredo Mameli” i w eskorcie torpedowca „” wracały do bazy w Poli z rejsu szkoleniowego z Zatoki Kotorskiej. Nieopodal przylądka Promontore (Istria) brytyjski okręt podwodny storpedował i zatopił „Medusę”, na którego pokładzie śmierć poniosło 53 z 60 uczestniczących w tym rejsie osób.
W 1942 roku zużyte jednostki napędowe okrętu zostały wymienione na nowe silniki Diesla Tosi o łącznej mocy 4000 KM, przez co prędkość okrętu na powierzchni wzrosła do 17 węzłów. W tym roku „Goffredo Mameli” odbył trzy patrole przeciw okrętom podwodnym, jednak bez sukcesów.
3 sierpnia 1943 roku „Goffredo Mameli” przewiózł w okolice Bengazi oddział komandosów z batalionu „San Marco”, jednak z powodu ataków lotniczych nie mógł ich zabrać po wykonaniu misji. W momencie kapitulacji Włoch we wrześniu 1943 roku okręt nadal pełnił funkcje szkoleniowe w Poli. „Goffredo Mameli” i „Tito Speri” poddały się aliantom, a po przeprowadzeniu prac remontowych zostały w lutym 1944 roku wysłane na Bermudy, a następnie do Zatoki Maine.