Szczedienko odwołany z tego stanowiska, powracając na stanowisko dowódcy Nadwołżańskiego Okręgu Wojskowego. Stanowisko to zajmował do 1944 roku, gdy 23 marca 1944 roku został dowódcą Charkowskiego Okręgu Wojskowego. Gdy 18 maja 1944 roku na stacji kolejowej w Krasnoarmejskaja doszło do zamieszek z udziałem oddziałów marszowych, na rozkaz Ludowego Komisarza Obrony Józefa Stalina z 9 czerwca 1944 roku został odsunięty od dowodzenia i postawiony przed sąd.
W dniu 14 czerwca 1944 roku został aresztowany i osadzony w więzieniu NKWD, śledztwo przeciwko niemu toczyło się aż do 1950 roku, a w 1946 roku został formalnie zwolniony z wojska. Dopiero 25 października 1951 roku zapadł wyrok w jego sprawie. Skazany został na karę 25 lat więzienia, jednocześnie został pozbawiony stopnia wojskowego i wszystkich odznaczeń.
Po wyroku został skierowany do obozu pracy NKWD w Mariinsku, gdzie miał odbyć resztę kary. W czasie pobytu w obozie w dniu 11 marca 1953 roku został ponownie skazany na 10 lat więzienia za agitację antyradziecką wśród więźniów. W dniu 28 lipca 1953 roku Kolegium Wojskowe Sądu Najwyższego ZSRR uchyliło wyrok z 1951 roku i jednocześnie zmieniło go, ustalając karę na 9 lat i 1 miesięcy więzienia, był to okres, który już spędził w więzieniu.