Będąc ministrem zainicjował program budowy boisk m.in. dla młodzieży o nazwie „Blisko boisko”. W jego wyniku oraz programu „Wielofunkcyjne boiska sportowe” powstało łącznie 1045 boisk. Działania realizowane w ramach „Blisko boisko” były następnie kontynuowane w postaci programu Orlik 2012.
W czasie kadencji Tomasza Lipca Polsce i Ukrainie przyznano organizację mistrzostw Europy w piłce nożnej w 2012 roku. Podjął decyzję o wyborze czterech polskich miast-gospodarzy: Warszawa, Poznań, Gdańsk i Wrocław z sześciu wcześniej zgłoszonych; odpadły Chorzów i Kraków.
19 stycznia 2007 Tomasz Lipiec, po wszczęciu postępowania prokuratorskiego wobec Wita Żelazki, jednego z członków zarządu Polskiego Związku Piłki Nożnej oskarżanego o korupcję, wydał decyzję o ustanowieniu zarządu komisarycznego w PZPN. Było to działanie, które było ryzykowne z punktu widzenia relacji z FIFA i UEFA – Polsce groziło wykluczenie z tych organizacji, wycofanie polskich drużyn z europejskich pucharów oraz zawieszenie reprezentacji Polski w rozgrywkach międzynarodowych. Spotkało się też z ostrym sprzeciwem krajowego środowiska piłkarskiego. Funkcję komisarza objął Andrzej Rusko. Już jednak po dwunastu dniach, 1 lutego, Rusko zrezygnował z funkcji kuratora, i zastąpiony został przez Marcina Wojcieszaka.