W latach 2001–2003 zatrudniony był w Urzędzie Kultury Fizycznej i Sportu jako doradca szefa Departamentu Sportu Wyczynowego. Od 2003 roku pełnił funkcję dyrektora Stołecznego Ośrodka Sportu i Rekreacji. Podczas Zjazdu Sprawozdawczo‑Wyborczego Polskiego Związku Lekkiej Atletyki w styczniu 2005 został wybrany do Zarządu PZLA jako prezes Warszawsko‑Mazowieckiego Związku Lekkiej Atletyki. Powierzono mu także stanowisko wiceprezesa PZLA ds. organizacyjno‑finansowych. Działał również w Polskim Komitecie Olimpijskim, gdzie zasiadał w Komisji Zawodniczej jako jej przewodniczący.
Pełnił funkcję dyrektora organizacyjnego Festiwalu Biegowego przy Forum Ekonomicznym w Krynicy-Zdrój.
Był członkiem Honorowego Komitetu Poparcia Lecha Kaczyńskiego na Prezydenta Polski (2005).
Ministerstwo sportu thumb|Tomasz Lipiec z Lechem Kaczyńskim na Ukrainie, 9 lipca 2007 31 października 2005 Tomasz Lipiec został powołany na stanowisko ministra sportu w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza. Stanowisko objął ponownie 14 lipca 2006 w rządzie Jarosława Kaczyńskiego. Jego odwołanie nastąpiło 9 lipca 2007 roku.