W wyniku postanowienia sądu tymczasowy areszt stosowany wobec Tomasza Lipca został zamieniony na poręczenie majątkowe w wysokości 80 tys. zł. Po jego opłaceniu 18 lipca 2008 Tomasz Lipiec odzyskał wolność. 2 kwietnia 2009 rozpoczął się proces. 17 kwietnia 2012 został skazany na 3,5 roku więzienia. Otrzymał również zakaz zajmowania stanowisk publicznych przez 10 lat. W 2013 roku w wyniku apelacji karę pozbawienia wolności skrócono do 2 lat i 3 miesięcy. Ostatecznie opuścił zakład karny w sierpniu 2014, po odbyciu połowy kary.
Złożona została kasacja do Sądu Najwyższego, jednak w przeddzień jej rozpatrzenia, Tomasz Lipiec ją wycofał i pozostała bez rozpatrzenia.
Według niego cała sprawa wynikała z tego, że padł ofiarą gry politycznej pomiędzy służbami specjalnymi oraz w obliczu przyznania Polsce organizacji Mistrzostw Europy w 2012 i wzrostu znaczenia ministerstwa chciano, by jego stanowisko przejęła Elżbieta Jakubiak.
Życie prywatne Jego ojcem był Dariusz Lipiec (ur. 1940), biegacz, uczestnik mistrzostw Polski seniorów w biegu na 1500 m, który przez pewien czas był trenerem swego syna. Tomasz Lipiec jest absolwentem Szkoły Głównej Handlowej w Warszawie, w zakresie zarządzania i marketingu (1996).
Od 2014 prowadzi amatorski zespół biegaczy Lipiec Running Team.
Osiągnięcia sportowe Seniorzy – międzynarodowe