Tego samego dnia prezydent Lech Kaczyński odwołał go z urzędu.
25 października 2007 Tomasz Lipiec został zatrzymany przez Centralne Biuro Antykorupcyjne pod zarzutami 5 przestępstw popełnionych w latach 2004–2007: przyjęcia korzyści majątkowej w wysokości 100 tys. zł od Tadeusza M., fikcyjnego zatrudnienia kierowcy, fikcyjnego zatrudnienia opiekunki do dziecka, zatrudnienia osoby w dziale obsługi stadionu X-lecia, choć obiekt miał być likwidowany oraz, z czego ostatecznie został uniewinniony, żądania łapówki w związku z remontem lodowiska na Stegnach w wysokości 170 tys. zł. Groziło mu do 10 lat więzienia. Wraz z nim oskarżono Arkadiusza Ż., szefa gabinetu politycznego.
Zaistniało podejrzenie sformułowane przez media oraz opozycję, że aresztowanie Tomasza Lipca mogło być celowo opóźniane przez ówczesną prokurator okręgową w Warszawie, Elżbietę Janicką na okres po zbliżających się wyborach parlamentarnych. Sprawę tę badała m.in. sejmowa komisja śledcza ds. nacisków na służby specjalne, przed którą składał wyjaśnienia.