W ostatnim sezonie uniwersyteckim (31 meczów, 24 wygrane) osiągnął średnio 20,8 punktu, 14,7 zbiórki (1. miejsce w NCAA) i 3,29 bloku na mecz. Był również liderem zespołu w asystach (98). Wake Forest dotarli do 2. rundy krajowych rozgrywek, ulegając w niej niżej rozstawionemu Stanford 66-72. Duncan został wybrany graczem roku przez wszystkie prestiżowe organizacje, stając się bezdyskusyjnym kandydatem do otrzymania pierwszego numeru w drafcie NBA 1997 roku. Został też – po raz 3. – wybrany najlepszym defensywnym graczem NCAA (rekord dzielony ze Staceyem Augmonem i Shane’em Battierem).
W ciągu 4 lat gry w NCAA zagrał we wszystkich 128 meczach Wake Forest, osiągając do dziś rekordowe 87 double-doubles (pobił 84 Ralpha Sampsona) oraz notując 481 bloków, które ówcześnie było 2. najlepszym wynikiem w historii (dziś czwartym). Został pierwszym graczem w historii NCAA, który zgromadził co najmniej 2000 punktów, 1500 zbiórek, 400 bloków i 250 asyst. W 127 meczach zaliczał co najmniej jeden blok.
Jego numer – 21 – został zastrzeżony przez Wake Forest.