Karę początkowo odbywał w więzieniu Warszawa III (tzw. „Toledo” przy ul. Namysłowskiej na Pradze-Północ). W 1954 roku przeniesiono go do więzienia w Siedlcach (co władze uzasadniały jego szkodliwym wpływem na innych osadzonych). 18 maja 1955 roku więzienie opuścił na podstawie rocznej przerwy w odbywaniu kary i zamieszkał u swoich sióstr w Izabelinie koło Warszawy. W 1956 roku został objęty amnestią, a w 1957 roku uległ rehabilitacji na mocy wyroku Sądu Najwyższego (podobnie jak pozostali skazani w procesie).
Emigracja W 1960 roku, kierując się względami zdrowotnymi oraz chęcią połączenia z żoną, wyjechał na stałe do Szwajcarii. Przebywając na emigracji, utrzymywał kontakty z krajem. Publikował w wydawnictwach krajowych, zachował członkostwo w Związku Literatów Polskich oraz pełnił funkcję honorowego prezesa Klubu MarynistówSzczepański Tomasz Obóz Federacji Bałto-Słowian – ośrodek refleksji geopolitycznej w okresie stalinizmu, „Trygław” nr 12 (2010)..
Był inicjatorem powołania Międzynarodowego Instytutu Kultury Morskiej, którego spotkanie założycielskie odbyło się w Bordeaux w 1973 rokuBublewski Witold Bronisław Miazgowski. Epizody z życia i działalności, „Nautologia” 1981,3 (63)..