Po zdobyciu mistrzostwa Czech, objął zwolnione przez Dušana Uhrina stery narodowej reprezentacji.
Czesi w eliminacjach do Euro 2000 nie przegrali żadnego meczu i jako pierwsza drużyna zapewnili sobie udział w turnieju rozgrywanym na boiskach Belgii i Holandii. Podopieczni Chovanca, wśród których byli wówczas zdobywcy wicemistrzostwa Europy sprzed czterech lat (m.in. Pavel Nedvěd, Karel Poborský, Radoslav Látal, Vladimír Šmicer i Patrik Berger), ale również młodsi, rozpoczynający kariery (Jan Koller, Marek Jankulovski, Tomáš Rosický), trafili do grupy ze współgospodarzami turnieju Holandią, ówczesnymi mistrzami świata Francją oraz Danią. W pierwszym spotkaniu ulegli 0:1 „Pomarańczowym”, a jedyny gol padł w kontrowersyjnych okolicznościach: po rzucie karnym podyktowanym (jak się później okazało niesłusznie) w '88 minucie meczu. Po drugiej z rzędu porażce (1:2 z Francuzami) odpadli z mistrzostw. W ostatnim spotkaniu ograli 2:0 Duńczyków. W eliminacjach do kolejnego turnieju – Mundialu 2002 – Czesi pierwsze miejsce w grupie musieli oddać Danii, a sami wystąpili w barażach. Tu jednak, niespodziewanie, przegrali z reprezentacją Belgii. Wkrótce potem Chovanca na stanowisku selekcjonera zmienił Karel Brückner.