W XX wieku p.n.e. Megiddo było warownym miastem z bogatą świątynią. Całe miasto zajmowało powierzchnię około 20 hektarów, a na wzgórzu wznosiła się cytadela. Większość ludności mieszkała na wschodnich zboczach wzgórza, chroniąc się w cytadeli w razie niebezpieczeństwa.
Po kolejnej przebudowie miasta zauważalne jest wyodrębnienie się władzy świeckiej od religijnej – powstał pałac w pobliżu bramy miejskiej. Prace archeologiczne odkryły między innymi tzw. „wyżynę” kananejską – wielki kopiec o charakterze kultowym (XIX wiek p.n.e.), system zaopatrzenia miasta w wodę, mury obronne wraz z bramami, zbudowane w podobny sposób jak w Gezer i Chasor. Nazwa miasta Megiddo pojawia się w grupie egipskich tekstów złorzeczących z XX-XVIII wieku p.n.e.
Warstwy archeologiczne z końca XIX wieku p.n.e. wskazują na upadek kultury miejskiej Megiddo. Na ruinach starożytnego miasta zamieszkała ludność koczownicza tworząca tymczasowe struktury budowlane. Okres ten jednak bardzo szybko minął, gdyż wykopaliska ujawniły kolejne ślady życia miejskiego z odnalezionymi fragmentami ceramiki.