W przerwie zimowej Van Gaal odsunął od zespołu kapryśnego napastnika Lukę Toniego, a szkielet drużyny zaczął budować wokół młodych i szerzej nieznanych graczy: Holgera Badstubera i Thomasa Müllera, których wspomagają reprezentanci krajów Arjen Robben, Philipp Lahm, Daniel Van Buyten i Ivica OlićTamże.. Komentatorzy podkreślają, że metoda pracy Van Gaala, oparta na skomplikowanych pomysłach taktycznych i dyscyplinie w grze, jest bardzo dobrze odbierana w Niemczech, gdzie zasada Ordnung muss sein określa kulturę piłkarską w tym kraju.
FC Bayern z trenerem Louisem van Gaalem wygrało dnia 9 maja 2010 z dużym wyprzedzeniem mistrzostwo w lidze niemieckiej i na zakończenie sezonu ma szanse na zdobycie Pucharu Niemiec oraz na zwycięstwo w Lidze Mistrzów, skąd wyeliminował już m.in. Manchester United (2:1 i 2:3) i Olympique Lyon (1:0 i 3:0). W finale tych ostatnich rozgrywek monachijczycy zmierzyli się z Interem Mediolan, prowadzonym przez dawnego asystenta Van Gaala, José Mourinho. Mecz zakończył się zwycięstwem włoskiej drużyny (2:0). 10 kwietnia 2011 roku został zwolniony z funkcji trenera Bayernu Monachium po słabych wynikach w lidze.
Powrót do reprezentacji Holandii 6 lipca 2012 roku został selekcjonerem reprezentacji Holandii.