Kiedy odchodził, klub był na dwunastym miejscu w tabeli.
AZ Alkmaar Holenderski szkoleniowiec wycofał się z życia sportowego i trochę na uboczu wielkiego futbolu, przyglądał się mu zza biurka dyrektorskiego w Ajaksie.
Po niemal trzech latach nieobecności, od sezonu 2005–2006 powrócił do pracy szkoleniowej w AZ Alkmaar. Z młodym, niedoświadczonym zespołem zdobył wicemistrzostwo Holandii. Wielu z jego wychowanków, jak Kew Jaliens, Barry Opdam, Tim de Cler i Danny Koevermans, zaczęło występować w reprezentacji. W następnym sezonie AZ długo prowadził w tabeli, ale po przegranym ostatnim meczu ligowym (przed którym zajmował pierwszą lokatę) spadł na trzecie miejsce. Triumf w Eredivisie nadszedł dopiero w rozgrywkach 2008–2009.
Bayern Monachium 1 lipca 2009 roku objął stanowisko szkoleniowca Bayernu Monachium. Jednak już w grudniu Holender był bliski zwolnienia – klub zawodził w rozgrywkach ligowych, a trener publicznie podważał decyzje szefa rady nadzorczej Bayernu Karla-Heinza RummeniggeP. Rzekanowski. Elastyczny Holender wygina sztywny Bayern. "Gazeta Wyborcza", 9 kwietnia 2010.. Przełomem było zwycięstwo 4:1 z Juventusem w fazie grupowej Ligi Mistrzów.