Na początku II wojny światowej wraz z grupą profesorów krakowskich został aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau i uwięziony w niemieckim obozie koncentracyjnym Sachsenhausen. Swoje doświadczenia z pobytu w obozie ujął w szkicu Wspomnienia z obozu Sachsenhausen 1939–40. Przebywał tam do lutego 1940, skąd powrócił do Krakowa w pierwszym transporcie zwolnionych profesorów. W obozie nabawił się ciężkiej choroby serca, która prześladowała go do końca życia. Już wiosną następnego roku podjął tajne nauczanie oraz działalność konspiracyjną w kręgach Stronnictwa Narodowego. Był członkiem Polskiej Akademii Nauk i Polskiej Akademii Umiejętności. Koleje swojego życia opisał w pamiętnikach Z Komborni w świat i Z przędziwa pamięci. Urywki wspomnień.
Pigoń zajmował się literaturą jako przekazem doniosłych treści poznawczych, ideowo-wychowawczych i filozoficznych oraz jej rolą w kształtowaniu polskiej świadomości narodowej. Był skrupulatnym badaczem i wydawcą tekstów ważnych dla poznania życia i twórczości wielkich pisarzy. Interesował się szczególnie okresami romantyzmu i modernizmu, a przede wszystkim postacią i dziełem Adama Mickiewicza. Badał również i wydawał utwory Aleksandra Fredry, Stefana Żeromskiego i Władysława Orkana.