Zainteresowania naukowe Zierhoffera obejmują głównie onomastykę, zajmuje się również badaniami nad wyrazami pospolitymi oraz dorobkiem polskiego językoznawstwa. Współpracował ze Słownikiem starożytności słowiańskich. Opracował m.in. bibliografię prac Władysława Kuraszkiewicza (w czterech częściach), Bibliografię onomastyki polskiej za lata 1907–1944, Dorobek językoznawstwa polonistycznego i slawistycznego w Poznaniu w okresie po II wojnie światowej, Dorobek ośrodka poznańskiego w zakresie onomastyki. Z publikacji naukowych można wymienić: Rekonstrukcja nazewnictwa na mapie województwa płockiego ok. r. 1578 (1958, z A. Wolffem) Formowanie się nazewnictwa od terminów topograficznych na przykładzie wyrazu „łęg” O paralelnych nazwach krajów na -y, -i oraz -yja, -ija Ścieżka i jej synonimy w gwarach i historii języka polskiego Nazwy miast Wielkopolski (1987, z Zofią Zierhofferową) Studia z historii i geografii słownictwa polskiego i słowiańskiego Uwagi o pisowni i fonetyce „Liber Chamorum” Nazwy zachodnioeuropejskie w języku polskim a związki Polski z kulturą Europy (2000, z Zofią Zierhofferową)