Działalność naukowo-badawcza po uzyskaniu stopnia doktora habilitowanego Marcin Kozakiewicz kontynuował zainteresowania materiałami kościozastępczymi w okresie pracy po habilitacji. Zaowocowało to serią badań podstawowych głównie we współpracy z Politechnika Łódzką, np. ocenę na podstawie macierzy długości serii regeneracji ubytków kości. W tych pracach podaje obiektywne sposoby oceny odbudowy kości na podstawie podstawowych metod obrazowania radiologicznego. Dwie prace dotyczą tytanowych wszczepów zębowych.
W zespole kierowanym przez Marcina Kozakiewicza opracowano nowe membrany barierowe dla sterowanej regeneracji tkanek. Z zastosowaniem cyfrowej analizy obrazu i programu komputerowego własnego pomysły zbadał odległe wyniki leczenia nakładkowymi przeszczepami kości zaników kości szczęk. Pokrewnym nurtem były badania z zakresu chirurgicznych rekonstrukcji alloplastycznych.