Kariera trenerska Nik Zupančič po zakończeniu kariery sportowej rozpoczął karierę trenerską. W latach 2011–2015 był asystentem Matjaža Kopitara w reprezentacji Słowenii, a od lutego 2015 prowadził HDD Jesenice. Po dymisji Kopitara z funkcji selekcjonera, został mianowany nowym selekcjonerem reprezentacji Słowenii, z którą podczas mistrzostw świata I Dywizji Grupy A 2016 rozgrywanych w katowickim Spodku wywalczył awans mistrzostw świata Elity oraz wywalczył w tym samym roku w Mińsku awans do turnieju olimpijskiego 2018 w Pjongczangu, na których był jednak asystentem selekcjonera Kariego Savolainena, gdyż po spadku z Elity na mistrzostwach świata 2017 rozgrywanych we Francji i w Niemczech podał się do dymisji.
W sezonie 2017/2017 ponownie szkolił HDD Jesenice. Następnie w latach 2018–2019 prowadził austriacki VEU Feldkirch, a 20 czerwca 2019 roku został trenerem klubu Polskiej Hokej Ligi – Unii OświęcimNik Zupančič trenerem Unii [data dostępu: 2019-06-20], w którym w sezonie 2019/2020 dotarł do finału Pucharu Polski 2019, w którym Biało-Niebiescy przegrali 2:0 z GKS-em Jastrzębie-Zdrój, a przedwcześnie zakończone z powodu pandemii koronawirusa rozgrywki Polskiej Hokej Ligi 2019/2020, zakończyli na 2. miejscu i uznaniowo zostali wicemistrzami Polski.