Kariera reprezentacyjna Nik Zupančič z reprezentacji Jugosławii U-18 rozegrał 12 meczów, w których zdobył 35 punktów (25 goli, 10 asyst) oraz wystąpił na dwóch turniejach o mistrzostwo świata juniorów (1987 – awans do Grupy B, król strzelców (18 goli), najlepszy punktujący (23 punkty), najlepszy napastnik), 1988).
Z seniorskiej reprezentacją Jugosławii rozegrał 14 meczów, w których zdobył 10 punktów (7 goli, 3 asysty), spędził 12 minut na ławce kar oraz wystąpił na dwóch turniejach o mistrzostwo świata (1989, 1991).
Po rozpadzie Jugosławii w 1992 roku Nik Zupančič rozpoczął występy w reprezentacji Słowenii, w której w latach 1993–2004 rozegrał 66 meczów, w których zdobył 100 punktów (52 gole, 48 asyst), spędził 50 minut na ławce kar oraz brał udział w 11 turniejach o mistrzostwo świata (1993, 1994, 1995, 1996, 1997 – awans do Grupy B, 1998, 1999, 2000 – król strzelców (7 goli), 2001 – awans do Elity, najlepszy w klasyfikacji face-off (76,25%), najlepszy wskaźnik +/- (+16), 2002, 2004 – awans do Elity).