Pokrywa jest odchylana i przyciągana przy pomocy odpowiednich mięśni, działa podobnie jak pompa ssąco-tłocząca.
Przepływ wody przez skrzela wymuszany jest na dwa sposoby. Pierwszy, stosowany np. przez makrelowce lub niektóre duże rekiny, polega na wpychaniu wody do jamy gębowej, którą woda opuszcza przez szczeliny skrzelowe. Przepływająca woda opłukuje blaszki skrzelowe umożliwiając wymianę gazową. Metoda ta wymusza ciągły ruch ryby do przodu lub ustawienie ciała w kierunku przeciwnym do prądu wody. Zdecydowanie skuteczniejsza jest druga metoda polegająca na zasysaniu i tłoczeniu wody do skrzeli przez skoordynowane ruchy pyska i pokryw skrzelowych. Przez otwarty pysk pobierana jest woda do jamy gębowej, przy zamkniętych pokrywach skrzelowych. Zamknięciu pyska towarzyszy skurcz mięśni jamy gębowej i otwarcie pokryw skrzelowych, co powoduje wypchnięcie wody przez skrzela na zewnątrz.
Do poprawnej pracy skrzela wymagają stałej wilgotności, bez której listki skrzelowe sklejają się ze sobą. Ryba wyjęta z wody może jeszcze oddychać przez pewien czas, jeśli listki nie wyschną.