Jako pierwsi do składania zeznań zgłaszali się więźniowie polityczni oraz rodziny zaginionych, którzy już w czasie dyktatury bezskutecznie szukali jakichkolwiek informacji na temat losu bliskich, a także domagali się dla nich sprawiedliwości. Działalność CONADEP stała się dla nich okazją do tego, aby w końcu ktoś ich wysłuchał. Każde zgłoszenie otrzymywało swój numer. Komisja nie pomijała żadnej podanej informacji, a za cel wyznaczyła sobie zebranie jak największej ilości danych na temat możliwego losu zaginionych.
Z prawnego punktu widzenia najważniejszym zadaniem Komisji było stworzenie kartotek i dostarczenie ich organom sprawiedliwości w celu wszczęcia postępowania karnego przeciwko oprawcom. Zebrane świadectwa grupowano według tajemnych więzień (centros clandestinos de detención), tzn. do jednej sprawy przydzielano sprawy wszystkich osób, które poddawano represjom w określonym miejscu, np. w szkole mechaników marynarki wojennej (ESMA). Dzięki zgromadzonym zeznaniom możliwe stało się stworzenie częściowych opisów sposobu funkcjonowania poszczególnych więzień. Członkowie Komisji zmagali się m.in. z usuniętą dokumentacją, fałszywą tożsamością porywaczy, nielegalnymi pochówkami i tzw.