Pierwszy system jakości w Krka został ustanowiony w roku 1954, czyli w momencie powstania firmy, a laboratorium kontrolne początkowo mierzyło zaledwie 12 metrów kwadratowych. Wraz z rozwojem branży farmaceutycznej, wzrosła także intensywność działań regulacyjnych. W konsekwencji wdrożono dobre praktyki produkcyjne, inne dobre praktyki i dodatkowe systemy zarządzania jakością. Firma przestrzega licznych norm, w tym: ISO 9001 (od 1996 r.), Responsible Care (od 2000 r.), ISO 14001 (od 2001 r.), HACCP (od 2004 r.), OHSAS 18001 (od 2005 r.), ISO/IEC 27001 (od 2007 r.), BS 25999 (od 2011 r.) i ISO 45001 (od 2020 r.).
W roku 2007 Krka zmodernizowała swój system zarządzania jakością uwzględniając zasady Modelu Doskonałości Europejskiej Fundacji Zarządzania Jakością.
W 2023 r. firma otrzymała swój pierwszy rating S&P Global CSA, który oceniał zrównoważony charakter jej działalności (ESG). Krka opracowuje innowacyjne leki generyczne z wartością dodaną, wykorzystując własną wiedzę specjalistyczną.