Ostatecznie więc częściowo zburzono otaczające kościół rudery, pozostawiając jedynie XVIII-wieczny dom z dachem łamanym. Wtedy też powstały podcienia łączące ów dom z kościołem. Stojące w sąsiedztwie świątyni od strony ul. Grodzkiej dwie duże kamienice zostały zburzone z polecenia władz niemieckich podczas okupacjiM.Ż.K.(Marek Żukow-Karczewski), Całe miasto mówiło... O wyburzeniach, "Echo Krakowa", 18 VII 1995 r., nr 139 (14464)., w ramach urbanistycznego "porządkowania" przez okupanta otoczenia WaweluMarek Żukow-Karczewski, "Urdeutsche Stadt Krakau", "Czas Krakowski", 11–12 VI 1994 r., nr 134 (1184)..
Opis Kościół jest jednonawowy, orientowany, zbudowany z cegły. W 2015 odkryto relikty fundamentu umiejscowionego w środku nawy filara, dzięki czemu potwierdzono hipotezę, że gotycki kościół pierwotnie był dwunawowy, z jednym, centralnym filarem podtrzymującym sklepienie.
Wewnątrz kościoła znajdują się stalle z różnobarwnych marmurów, wapienia pińczowskiego, piaskowca i alabastru. Jest to pozostałość po nagrobku św. Jacka z jego kaplicy w kościele dominikanów (wykonanym w XVI w. przez Jana Michałowicza z Urzędowa). W tęczy znajduje się późnogotycki krucyfiks, na sklepieniu herby Tęczyńskich z XVI wieku. Kościół został odremontowany pod kierownictwem o. Adama Studzińskiego w latach 80. XX wieku.