Kościół gotycki został zbudowany w pierwszej połowie XIV w. Początkowo znajdował się pod patronatem benedyktynów, potem dominikanów. Z czasem budowla obrosła szeregiem XVII- i XVIII-wiecznych przybudówek, z których dużą część rozebrano w XIX w. Około roku 1905 Rada Miejska Miasta Krakowa – w ramach architektonicznego porządkowania ulic miasta – podjęła decyzję o wyburzeniu znajdujących się w złym stanie zabytkowych obiektów przylegających do kościoła, co doprowadziło do głośnego sporu ze środowiskiem miłośników zabytków Krakowa. Sprzeciw zgłosili m.in.: Stanisław Wyspiański, Leon Wyczółkowski, Konstanty Laszczka, Stanisław Tomkiewicz, Jerzy Mycielski, Marian Sokołowski, Józef Muczkowski, Leonard Lepszy, Klemens Bąkowski i Stanisław Krzyżanowski. Zatarg został zażegnany, dzięki interwencji Helferta, prezydenta Najwyższej Komisji Centralnej w Wiedniu, który pismem z dn. 24 listopada 1905 r. wywarł nacisk na prezydenta Krakowa i spowodował w konsekwencji uchylenie uchwały Rady Miejskiej. Prawdopodobnie był to też efekt zakulisowych działań prof. hr. Mycielskiego, którego łączyła przyjaźń z następcą tronu arcyksięciem Franciszkiem FerdynandemMieczysław Czuma i Leszek Mazan: Austryjackie gadanie czyli encyklopedia galicyjska, Anabasis, Kraków, 2013, s. 238, .