Kaplica św. Józefa (Szafrańców, Provanów) – wzniesiona w XV wieku przez cech szewców, po latach została własnością rodziny Szafrańców. Wyposażeniem jest neogotycki ołtarz projektu Mariana Pavoniego z obrazem Chrystusa w warsztacie św. Józefa pędzla Jana Drewaczyńskiego oraz manierystyczny nagrobek Prospera Provano – żupnika wielickiego.
Kaplica św. Dominika (Myszkowskich) – ufundowana w roku 1614. Jest specyficzna i łatwa do rozpoznania, ponieważ można w niej zobaczyć galerię rodziny Myszkowskich. Są to rzeźbione postacie rodu wewnątrz kopuły. Tę kaplicę łatwo rozpoznać z zewnątrz, ponieważ jest ona udekorowana boniowaniem. Do budowy wykorzystano szlachetny srebrzystoczarny marmur, kolumny są w kolorze delikatnego, złamanego różu, a elegancję podkreślają białe rzeźby.
Kaplica Różańcowa – wzniesiono ją na planie krzyża greckiego z kopułą nad przecięciem ramion w latach 1685-88 na miejscu wcześniejszej XV-wiecznej kaplicy Zwiastowania. W 1668 roku umieszczono w kaplicy obraz Matki Boskiej Różańcowej, który według tradycji miał należeć do św. Stanisława Kostki. Znajduje się on w głównym ołtarzu między posągami św. Piusa V i bł. Benedykta IX. Ściany i sklepienie pokrywa polichromia przemalowana w 1820 przez Teodora Baltazara Stachowicza i w 1875 przez Walentego i Władysława Bąkowskich.