Nawa południowa (prawa) Kaplica św. Róży Limańskiej (Lubomirskich) – wzniesiona na początku XVII wieku na miejscu gotyckiej kaplicy grobowej Pileckich (wzniesionej pod koniec XIV wieku). Fundatorami byli Sebastian Lubomirski i jego żona Anna z Branickich; ich portrety znajdują się w tondach na ścianach tarczowych. Wnętrze kopuły wypełniają wyobrażenia śś. Sebastiana, Stanisława, Anny Samotrzeć oraz proroka Eliasza; w niszach znajdują się figury świętych (Dominik, Stanisław, Stanisław Kostka, Czesław, Kazimierz, Jacek, Florian i Wojciech). Kaplicę zamyka XVII wieczna krata.
Kaplica św. Tomasza – wzniesiona w XV wieku przez cech krawców. Nakryta jest sklepieniem sieciowym. Wyposażeniem jest zaprojektowany przez Mariana Pavoniego neogotycki ołtarz z posągami śś. Tomasza, Kazimierza, Stanisława Kostki, Antoniego i Alberta z obrazem Tomasza Dolabelli przedstawiający szkołę św. Tomasza z Akwinu oraz renesansowy nagrobek starosty krasnostawskiego Mikołaja Bogusza.
Kaplica Zbawiciela (Przeździeckich) – postawiona przez Mikołaja Edelinga w 1368 roku, następnie znalazła się pod opieką cechu piekarzy, a w XVI stuleciu przeszła w posiadanie rodziny Orlików. Po pożarze w 1850 odrestaurowana przez rodzinę Przeździeckich. Wyposażona w neogotycki ołtarz wykonany przez Edwarda Stehlika według projektu Teofila Żebrawskiego.