W 1812 kościół zamknięto, a bonifratrzy na mocy dekretu księcia warszawskiego Fryderyka Augusta zostali przeniesieni na Kazimierz, do dawnego kościoła trynitarzy pod wezwaniem św. Trójcy. Budynki poklasztorne przeszły na własność skarbu państwa. W 1813 zostały wystawione na sprzedaż, jednak z powodu braku chętnych do kupna pozostały niezagospodarowane przez kolejnych pięć lat.
W 1818 budynki przy ul. św. Jana i św. Marka kupił na licytacji kupiec Maciej Knotz, który urządził tam wozownię dla gości zajeżdżających do jego oberży. W 1830 Knotz wydzierżawił budynek Janowi Mieroszewskiemu, dyrektorowi policji Wolnego Miasta Krakowa, który dostosował wnętrze kościoła i uruchomił w nim teatr. Pierwszy spektakl odegrano 30 grudnia 1830. Po dziesięciu miesiącach Mieroszewski odstąpił dzierżawę Juliuszowi Pfeiferowi, który prowadził teatr do 1840. W latach 1840–1842 był on własnością Tomasza Chełchowskiego. W 1842 teatr został przeniesiony do budynku, w którym obecnie funkcjonuje Stary Teatr.