Po swojej śmierci w 1831 roku Fraser został zastąpiony na stanowisku kierownika ogrodu przez braci Richarda i Allana Cunninghamów.
W 1825 roku gubernator Thomas Brisbane nakazał rozszerzenie ogrodu na zachód od dawnych terenów Farmy Cove, w celu utworzenia eksperymentalnego ogrodu, w którym do australijskich warunków były przystosowywane zwierzęta z innych kontynentów. Pomiędzy 1829 a 1838 rokiem na terenie ogrodu powstała winnica, w której rosło ponad 365 gatunków winogron przywiezionych w 1832 roku przez Kapitana James Busby.
Pod koniec 1830 roku na terenie ogrodu Kompania Wschodnioindyjska zbudowała wiatrak, czym rozpoczęła otwarty konflikt z ówczesnym gubernatorem Australii – Henri Alfred Jacquemartem. Podczas sporu Główny Fiskus, Hrabia McPherson zatrudnił kierownika do zbudowania domków mieszkalnych obok młyna. Bardzo szybko dookoła młyna zaczęła rozwijać się miejscowa ekonomia, powstała mleczarnia oraz tartak, które blokowały wejście na teren ogrodu. Spór zakończył się, gdy w 1835 roku sir Richard Bourke kazał rozebrać i usunąć młyn, a także zabudowania dookoła niego.
Konflikt z Kompanią Wschodnioindyjską mały|lewo|Stary Wiatrak, Teren Rządu Australii, 1836. Litografia, J.G.