Tymczasem 2 i 3 armie odeszły z Pietropawłowska i Iszymu. Pierwsze z tych miast zostało opuszczone 31 października, drugie – 4 listopada. Przed odejściem z Pietropawłowska biali zamordowali więźniów politycznych, których wcześniej przetrzymywaliJ. D. Smele, Civil war..., s. 549.. Czerwoni bez żadnych trudności przeszli przez mosty na Iszymie, których biali nie zniszczyli. 5 Armia pod dowództwem Michaiła Tuchaczewskiego ruszyła do marszu wprost na Omsk. 200px|left|thumb|Gen. Siergiej Wojciechowski miał bezpośrednio dowodzić obroną Omska W tym momencie od Omska 5 Armię dzieliło 200 km równinnych obszarów bez żadnych naturalnych przeszkód. W dniu, gdy 3 Armia odeszła z Iszymu, Diterichs spotkał się z Kołczakiem i złożył dymisję ze stanowiska. Nowym dowódcą Frontu Wschodniego Armii Rosyjskiej został gen. Konstantin Sacharow, jego zastępcą – gen. Pawieł Iwanow-Rinow. Dowództwo 3 Armii powierzono natomiast gen. Władimirowi Kappelowi, zaś 2 Armii – gen. Siergiejowi WojciechowskiemuJ. D. Smele, Civil war..., s. 545.. Kołczak wbrew raportom z frontu wierzył, że uderzenie czerwonych na Omsk nastąpi nie wcześniej, niż za trzy tygodnie, a ich sukcesy na Syberii wcale nie świadczą o umacnianiu się ich władzy w Rosji.