W styczniu 1917 r. został dowódcą XIV korpusu armijnego 5 Armii Frontu Północnego. W lipcu 1917 r. jego korpus był jedynym w 5 Armii, który wykonał rozkazy dowództwa i poszedł do natarcia pod Jakobsztadtem; w pozostałych agitatorzy bolszewiccy skutecznie przekonywali żołnierzy do swoich haseł natychmiastowego pokoju. W listopadzie 1917 r., widząc całkowity rozkład armii i nie uznając rządu bolszewików, Budberg zrezygnował z dowodzenia korpusem i wyjechał w styczniu 1918 r. na Daleki Wschód.
W rządzie Kołczaka Rozczarowany postawą pierwszych rosyjskich emigrantów w Harbinie, w sierpniu 1918 r. udał się do Władywostoku. Następnie zgodził się przyjąć stanowisko w ministerstwie wojny w białym rządzie adm. Aleksandra Kołczaka, chociaż samego Kołczaka uważał za niezdolnego do kierowania rządemJ. D. Smele, Civil war..., s. 127.. W maju 1919 r. przybył do Omska i został w rządzie Kołczaka ministrem wojnyJ. D. Smele, Civil war..., s. 231.. Jego rola przy strategicznym planowaniu operacji kołczakowskiej Armii Rosyjskiej była jednak ograniczona. Admirał w znacznie większym stopniu ufał m.in. Dmitrijowi Lebiediewowi, chociaż był on nieporównywalnie mniej doświadczony od BudbergaJ. D. Smele, Civil war..., s. 242–243..