Do wnętrza muzeum prowadzi kilka bram. Główne, reprezentacyjne wejście od Paseo del Prado, nosi nazwę Puerta de Velázquez. Otwierane jest wyłącznie przy uroczystych okazjach, takich jak wizyty oficjeli. Kasy biletowe znajdują się przy Puerta de Goya, umieszczonej w fasadzie północnej. Po zakupie biletu, w zależności od natężenia ruchu turystycznego, ochrona kieruje zwiedzających bądź do Puerta de Goya, bądź do nowej, zrealizowanej podczas przebudowy w 2007 r., Puerta de los Jerónimos, położonej między gmachem Villanuevy a kościołem św. Hieronima. Kwadrans przed godziną zamknięcia muzeum jest opróżnianie ze zwiedzających, którzy na ogół kierowani są do najbliższego wyjścia: Puerta de Goya, Puerta de los Jerónimos lub Puerta de Murillo (w fasadzie południowej). mały|Puerta de Goya (fasada północna). W dolnej części: kasy biletowe, w górnej części: wejście do muzeum. Do Muzeum Prado należą także dwa pobliskie budynki będące pozostałością Pałacu Buen Retiro: Casón del Buen Retiro i Salón de Reinos (Salon Królestw).