Przypominał, że jedynym właściwym przywódcą ludzkości jest Chrystus. Chrześcijanin powinien stać po stronie obrońców dobra, sprawiedliwości, prawa i równości wszystkich ludzi oraz wszystkich narodów, ma też nade wszystko kochać swoją ojczyznę. Dlatego w lutym 1941 r. Kajpr sprzeciwił się, gdy kolaboranci próbowali, powołując się na postać św. Wacława, uzasadnić swoje przekonanie o przynależności narodu czeskiego do Rzeszy. Tak zwrócił na siebie uwagę gestapo, które wydało rozkaz, aby przerwać wydawanie czasopisma.
W nazistowskich obozach koncentracyjnych (1941–1945) mały|Kwestionariusz osobowy Kajpra w KL Mauthausen 20 marca 1941 r. aresztowano Kajpra za „prowokacyjne” oraz „pełne nienawiści” artykuły dotyczące Rzeszy. Najpierw przebywał w areszcie Pankrác w Pradze, następnie w obozie koncentracyjnym Terezin, z „przerwą” na pracę w oddziale wyjazdowym, który we wsi Nová Huť (dziś Nižbor) koło Berouna dostosowywał budynek i ogród na obiekt wypoczynkowy dla członków gestapo.
Po kolejnym pobycie w więzieniu Pankrác został we wrześniu 1941 r. przetransportowany do obozu koncentracyjnego Mauthausen, gdzie pracował w kamieniołomie. W maju 1942 r. przewieziono go do Dachau. Tam przebywał do końca wojny w tzw. bloku księży. Pracował między innymi na plantacji.