W samej Japonii w użyciu istnieją także inne warianty: Standard Ministerstwa Ziemi, Infrastruktury, Transportu i Turystyki, który wykorzystuje wersję zmodyfikowaną, długie ō zapisując jednak jako o, np. Otacho dla 太田町. Wariant ten wykorzystywany jest na znakach drogowych道路標識のローマ字（ヘボン式） の綴り方.. Standard paszportowy Ministerstwa Spraw Zagranicznych, który zezwala na używanie w latynizacji japońskich nazwisk, zwłaszcza w paszportach. W szczególności zapisuje zgłoskotwórcze n jako m przed spółgłoskami b, m i p oraz pozwala na zapis długiego ō jako o, ou/oo lub oh (np. nazwisko 佐藤（さとう） może zostać zapisane jako Sato, Satou lub Satoh).
Szczegóły tych wariantów znajdują się niżej.
Cechy Główną cechą latynizacji Hepburna jest to, iż jej pisownia opiera się na fonologii języka angielskiego. Tam, gdzie sylaby konstruowane w sposób regularny według sylabariusza języka japońskiego zawierają „niestabilną” spółgłoskę dla współczesnego języka mówionego, ortografia zmieniana jest na lepiej oddającą, dla władających angielszczyzną, właściwy dźwięk;