Z biegiem wieków koncepcja sushi została spopularyzowana wraz z rozpowszechnianiem się buddyzmu, który nakazywał powstrzymywanie się od spożywania mięsa. Uważa się, że to Japończycy zaczęli sporządzać sushi jako kompletne danie, jedząc sfermentowany ryż razem z konserwowaną rybą, częściowo surową, częściowo sfermentowaną. Ta kombinacja jest znana jako najstarsza forma tej potrawy o nazwie nare-zushiNare-zushi o lokalnej nazwie funa-zushi można zjeść dziś w pobliżu jeziora Biwa w prefekturze Shiga. Funa-zushi jest przygotowywane z ryby o nazwie nigoro-buna z rodziny karpiowatych. Gatunek ten występuje tylko w jeziorze Biwa. Jego smak nie wszystkim odpowiada, gdyż przypomina niebieski ser. Ryby są patroszone i następnie przechowywane w soli przez rok.. Sushi zaczęło być znane nie jako sposób konserwowania jedzenia, ale jako prawdziwe danie. Ten nowy proces utrwalał się w okresie Muromachi (1336–1573), a w okresie Azuchi-Momoyama (1573–1603), po raz pierwszy stworzono namanari-sushi (niesfermentowane, niemarynowane w solance nare-zushi).