Ze względu na polityczne naciski (jej mąż był Żydem), w 1931 roku Stölzl opuściła Bauhaus i wyjechała do Szwajcarii.
Wyjazd do Szwajcarii W Zurychu założyła pracownię tkacką wraz z byłymi studentami Bauhausu Gertrudą Preiswerk i Heinrich-Otto Hürlimannem. Gdy ze względów finansowych zamknięto warsztat, w 1937 roku Stölzl założyła własną firmę: Handweberei Flora, którą prowadziła przez następne 30 lat. We własnej działalności powróciła do ręcznego tkania.
W 1937 roku otrzymała nagrodę Diplôme Commémoratif – Exposition Internationale des Arts et des Techniques za prace wystawione na Wystawie Światowej w Paryżu. mały|Krzesło Marcela Breuera z tkaniną Gunty Stölzl
Życie prywatne W 1929 roku Stölzl wyszła za mąż za architekta Arjego Szarona, studenta Bauhausu; w tym samym roku urodziła pierwszą córkę, Yael. Ze względu na pochodzenie męża, musiała opuścić Bauhaus w 1931 roku. W 1936 roku małżeństwo się rozwiodło. W 1942 roku Stölzl wyszła ponownie za mąż za szwajcarskiego pisarza Willy'ego Stadlera i dostała szwajcarskie obywatelstwo. Rok później urodziła drugą córkę, Monikę Agnes.