Drugim wykładowcą, który wywarł duży wpływ na Stölzl, był niemiecki malarz Paul Klee (1879–1940), który podkreślał znaczenie rytmu, dynamiki i głębi w tkactwie, porównując je do muzyki.
Praca w Bauhausie W 1924 roku Stölzl wróciła ze Szwajcarii i zaczęła prowadzić warsztat tkacki w Bauhausie. Jej współpraca z Georgiem Muche, który nadal był kierownikiem tkactwa, nie układała się. Studentki tkactwa nie były zadowolone z braku zainteresowania Muche stroną techniczną tkania i po przenosinach szkoły do Dessau, zaczęły żądać zmiany kierownictwa. W 1927 roku, gdy Muche odszedł z uczelni, Stölzl przejęła oficjalnie kierownictwo, choć już od dawna podejmowała większość decyzji w warsztacie. Rok później, wraz z innymi członkami Bauhausu, wyjechała w podróż do Moskwy, by uczestniczyć w zajęciach na Wchutiemas. Pod kierownictwem nowego dyrektora Bauhausu, Hannesa Meyera, w pracowni nastąpił zwrot ku wzornictwu przemysłowemu, choć Stölzl nalegała na ręcznie robione prototypy. Dzięki projektom tkanin, które znalazły zastosowanie w masowej produkcji, warsztat przynosił największe dochody uczelni, która zaczęła mieć problemy finansowe. Jednocześnie Stölzl ceniła eksperymenty, a w pracowni testowano właściwości nowych materiałów, takich jak tkaniny syntetyczne i celofan.