W 1745 roku bazylika ponownie trafiła pod opiekę franciszkanów konwentualnych (których wcześniej na pewien czas zastąpili księżą diecezjalni).

Obecna fasada nad portykiem została zaprojektowana przez Giuseppe Valadiera w ramach renowacji w 1827 roku.

Kolejna przebudowa miała w 1873 roku, odkopano wówczas dawną kryptę i ozdobiono ją tak, by przypominała starożytną katakumbę; podczas tej renowacji odkryto starodawny ołtarz główny krypty z relikwiami apostołów Filipa i Jakuba, które nadal znajdowały się na swoim miejscu.

W 2020 roku badanie autentyczności relikwii przeprowadził zespół naukowców, na którego czele stał prof. Kaare Lund Rasmussen z Uniwersytetu Południowej Danii i w którego skład wchodzili specjaliści z Uniwersytetu w Groningen, Uniwersytetu w Pizie, brytyjskiego Cranfield Forensic Institute, oraz . Naukowcy stwierdzili, że relikwie św. Filipa są zbyt zanieczyszczone, by można przeprowadzić wiarygodne datowanie. Odnośnie do relikwii św. Jakuba (kości udowej), ustalono, że nie jest ona jego kością. Pochodzi od osoby, która żyła 160–240 lat później niż św.