Świątynia została poważnie uszkodzona przez trzęsienie ziemi w 1348 roku. Została odbudowana dopiero od 1417 roku z polecenia papieża Marcina V. Od 1439 roku kościołem opiekują się franciszkanie konwentualni. Pod koniec XV wieku na zlecenie papieża Sykstusa IV Baccio Pontelli przeprowadził renowację kościoła, wtedy to powstał dziewięciołukowy portyk. Około 1665 roku przebudowano portyk, Carlo Rainaldi zamurował łuki na górnym poziomie, wstawił okna w stylu barokowym i dodał rzeźby Chrystusa i Apostołów do balustrady.
Znacząca przebudowa miała miejsce w XVIII wieku za papieża Klemensa XI, kierowali nią Carlo i Francesco Fontana. Z wyjątkiem portyku i konfesji pod ołtarzem głównym, cały gmach został zburzony i zbudowany na nowo. Ogromny fresk z apsydy autorstwa Melozzo da Forlì przedstawiający Wniebowstąpienie Pańskie został usunięty w 1711 roku i podzielony na kawałki: centralna figura Chrystusa została zabrana do Pałacu Kwirynalskiego, fragmenty trafiły do zakrystii św. Piotra, a inne zostały wykorzystane do dekoracji sali w watykańskiej Pinakotece. Zmniejszono również liczbę kaplic bocznych z dwunastu do siedmiu.