Należała do rady programowej działu historii w Ministerstwie Oświaty, gdzie brała udział w układaniu programu nauczania historii w szkołach, w tym okresie opublikowała podręcznik do historii z zakresu prahistorii przeznaczony dla nauczycieli. Ponadto działała w terenie, ważnymi osiągnięciami były prowadzone od 1947 (do 1961) wykopaliska w osadzie z epoki kultury pucharów lejkowatych w Ćmielowie. Badaniom w Ćmielowie i Złotej Zofia Podkowińska poświęciła wiele publikacji i prac naukowychO Zofii Podkowińskiej "Z otchłani wieków", t. 3:1970, s. 211. Od 1951 prowadziła wykłady z archeologii Europy i Polski na Studium Historii Kultury Materialnej na Uniwersytecie Warszawskim. Przez cały ten czas wykładała w Pracowni Neolitu, późniejszym Zakładzie Neolitu, w 1954 została jego kierownikiem, została profesorem nadzwyczajnym i zasiadała w Radzie Naukowej Instytutu Kultury Materialnej Polskiej Akademii Nauk. W 1964 przeszła na emeryturę pozostając aktywna zawodowo, uczestnicząc w życiu naukowym archeologii polskiej.
Nie założyła rodziny. Zmarła 10 lutego 1975, pochowana na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 51-3-21)M.J.