Wiosną 1941 hitlerowski dyrektor muzeum Ernst Petersen i komisarz Werner Tzschaschel podjęli decyzję o połączeniu wszystkich zbiorów prahistorycznych, w związku z tym Zofia Podkowińska została zatrudniona jako asystentka muzeum i pracowała tam do wybuchu powstania warszawskiegoLudwik Sawicki, Państwowe Muzeum Archeologiczne, Sprawozdania Państwowego Muzeum Archeologicznego, vol.1, z.1-4, (1948), pp. 19-47. Aresztowana po jego upadku w październiku 1944 została przetransportowana do obozu koncentracyjnego w Ravensbrück, a następnie do jego filii Konigsberg in Neumark (obecnie Chojna), gdzie przebywała do wyzwolenia w dniu 18 lutego 1945. Kariera po wojnie Po zakończeniu II wojny światowej została mianowana kustoszem Państwowego Muzeum Archeologicznego, od 1947 była kierownikiem działu młodszej epoki kamienia. Wiosną 1946 wstąpiła do Polskiej Partii RobotniczejZofia Podkowińska (1894–1975), Z otchłani wieków, t. 3:1975, s. 194–195.. Równocześnie pracowała w Instytucie Kultury Materialnej Polskiej Akademii Nauk, gdzie badała dzieje Wyżyny Sandomierskiej i Małopolski w młodszej epoce kamienia i wczesnej epoce brązu.