Negocjacje były na tyle zaawansowane, że w lipcu 1939 roku Benario zabrano z Ravensbrück do Berlina. Wybuch II wojny światowej pokrzyżował jednak plany jej zwolnienia. 8 września 1939 roku została odwieziona z powrotem do Ravensbrück.
Od tego momentu Benario nie była już izolowana od innych więźniów. Jesienią 1939 roku główna nadzorczyni Johanna Langefeld mianowała ją nawet blokową w bloku 11 („blok żydowski”). Benario wykorzystywała swoje stanowisko, aby nieść pomoc innym więźniarkom oraz animować działalność edukacyjną i artystyczną. Gdy jednak kierownictwo obozu dowiedziało się, że w bloku 11 potajemnie wystawiono sztukę teatralną, została zdjęta z funkcji blokowej i na wiele tygodni uwięziona w bunkrze. Po odbyciu kary trafiła do komanda zajmującego się wyładunkiem cegieł. Gdy pewnego razu ośmieliła się zwrócić do obozowego lekarza Waltera Sonntaga z prośbą o pomoc dla omdlałej koleżanki, ten ciężko ją pobił. Została ponadto ukarana wielotygodniowym uwięzieniem w bunkrze; spędziła w nim całe lato 1941 roku.