Działacze komunistyczni planowali odbić Benario podczas postoju statku w Southampton, jednakże o planie tym dowiedziały się brytyjskie służby specjalne i parowiec udał się bezpośrednio do Niemiec. W listopadzie 1936 roku Benario zeszła na ląd w Hamburgu. Była wtedy w ósmym miesiącu ciąży.
Początkowo trafiła do berlińskiego więzienia przy Barminstraße, w którym urodziła córkę Anitę. Komintern wszczął tymczasem kampanię na rzecz ich uwolnienia. Nazistowskie władze pragnąc uniknąć międzynarodowego skandalu, zaproponowały, aby Anita została oddana na wychowanie matce Olgi. Ta jednak wyrzekła się córki po jej ucieczce z rodzinnego domu, stąd odmówiła zaopiekowania się wnuczką. Ostatecznie Heinrich Himmler postanowił przekazać dziecko matce Prestesa, Leocádii. Anita została zabrana z więzienia w listopadzie 1937 roku. Trzy miesiące później Benario została uwięziona w obozie koncentracyjnym Lichtenburg. Wiosną 1939 roku przeniesiono ją do nowo utworzonego kobiecego obozu koncentracyjnego Ravensbrück. Początkowo była przetrzymywana w izolatce i źle traktowana. Wkrótce na skutek zabiegów rodziny Prestesów naziści wyrazili jednak wstępną zgodę na jej zwolnienie, stawiając jedynie warunek, że po opuszczeniu obozu musi natychmiast udać się na emigrację do Ameryki.